حالا رئیس‌جمهوری کشور برای نخستین بار نسبت به این طرح موضع‌‌‌گیری کرده و گفته است که «اجرای این طرح ضروری است». این موضع‌‌‌گیری مسعود پزشکیان از آن جهت مهم برشمرده می‌شود که پیش از این، برخی منتقدان طرح ساماندهی اتباع ادعا داشتند که با گذشت روزهای بیشتر از زمان آتش‌‌‌بس، اجرای این طرح مشمول مرور زمان شده و سرانجام دوباره ورود اتباع غیرمجاز به کشور تکرار خواهد شد. بنابراین این حرف رئیس‌جمهوری می‌تواند دلیلی بر رد این ادعا باشد.

به گزارش اقتصاددان به نقل از دنیای اقتصاد  ،  همچنین اجرای طرح یادشده، در روزهای ابتدایی با اعترا‌‌‌ض‌‌‌هایی از سوی اتباع همراه بود تا مقامات طالبان از مقامات ایران تسهیل روند خروج اتباع از کشور را خواستار شوند. مسعود پزشکیان در نخستین مواضعش نسبت به این مساله اعلام کرده است که «نمی‌توان ادعا کرد که کاری در چنین سطح و کمیتی بدون اشکال است و باید تلاش شود بازگرداندن این مهاجران در کمال احترام و آرامش انجام شود.» وی ادامه داد: «در این زمینه تاکیدات لازم به وزیر کشور نیز شده، اما نکته‌‌‌ای که محل تعجب شده، ادعای دلسوزی کسانی است که چشم خود را روی کشتار زنان و کودکان بی‌‌‌گناه با بمب و حتی بدتر از آن با بستن راه ورود غذا و دارو و گرسنگی دادن بسته‌‌‌اند، اما در مواجهه با موضوع ساماندهی مهاجران افغانی به حقوق بشر به عنوان یک حقه متوسل شده‌‌‌اند.» رئیس‌جمهوری افزود: شهروندان افغانستانی برادران و خواهران ما هستند و آنچه در حال انجام است، اقدامی ضروری در راستای ساماندهی حضور آنها در ایران است که در نهایت به نفع خودشان نیز خواهد بود، تلاش هم خواهیم کرد که این اقدامات در نهایت احترام به پیش برود.

 هدر رفت میلیاردی یارانه نان

البته واکنش‌‌‌ها به این طرح همچنان ادامه دارد، پس از آنکه عثمان سالاری نماینده تایباد به «دنیای اقتصاد» خبر داد که «اجرای طرح ساماندهی اتباع غیرمجاز با توجه به شرایط جوی پیش‌رو و به جهت تسهیل روند اجرای آن تمدید می‌شود، حالا ابوالفضل ابوترابی، عضو کمیسیون شوراهای مجلس نیز نسبت به تبعات حضور اتباع غیرمجاز در کشور هشدار داده است.